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Cell:环状RNA有望作为癌症生物标志物

随着新技术允许科学家们深入研究基因组和外显子组,一类新的称为环状RNA(circular RNA, circRNA)的RNA可能发挥着一种有趣的作用。

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随着新技术允许科学家们深入研究基因组和外显子组,一类新的称为环状RNA(circular RNA, circRNA)的RNA可能发挥着一种有趣的作用。

在一项新的研究中,来自美国密歇根大学的研究人员对多种癌症中的circRNA进行了编目,并进行了初步研究,表明这些稳定的结构可能作为血液或尿液中的癌症生物标志物。相关研究结果发表在2019年2月7日的Cell期刊上,论文标题为“The Landscape of Circular RNA in Cancer”。

图片来自Cell, 2019, doi:10.1016/j.cell.2018.12.021。

circRNA是一种非编码RNA,它们形成闭合的环状结构而不是线性结构。新的RNA测序方法曝光了这些circRNA,但是人们对它们起作用的原因或方式知之甚少。不过它们的稳定结构使得它们成为癌症生物标志物的理想候选对象。

这项新的研究确定了癌症中的circRNA目录,从而为未来的研究构建了一个数据库。论文共同通讯作者、密歇根大学转化病理学中心主任Arul M. Chinnaiyan博士说,“我对circRNA作为非侵入性生物标志物的潜力感到非常兴奋。鉴于它们的稳定性,我们可能能够在癌症患者的血液或尿液中检测到它们。这可能对癌症的诊断或预后有用。”

作为MiONCOSEQ项目的一部分,这些研究人员从800多个肿瘤样本中发现了circRNA。他们证实为MiONCOSEQ项目开发的捕获RNA测序在检测circRNA方面比现有方法更为强大。

Chinnaiyan说,“这种捕获方法可能是有限的,这是因为它基于我们用来捕获RNA的探针。但是,全外显子组捕获方法使得它具有重大的意义。我们通过这种方式捕获大量的RNA。这就是为何我们能够鉴定出如此多的之前并不知道的circRNA。”

这种技术仅需少量总RNA就能够鉴定出circRNA。这意味着它们可能在RNA被稀释的地方被检测到,比如血液或尿液。

此外,这些研究人员还鉴定出几种在前列腺癌组织中发现的circRNA。通过评估来自前列腺癌细胞的circRNA,他们发现它们比线性RNA更稳定。它们也可在尿液样品中检测到。

Chinnaiyan说,“我们能够证实这些circRNA存在于尿液中并且来自前列腺癌的circRNA可被检测到。我们未来的研究将探究这些circRNA作为尿液或血液中的癌症生物标志物。”

这些研究人员将他们的研究结果转变为一个名为MiOncoCirc的数据库,这个数据库对肿瘤样本中报道的circRNA进行编目。这种资源可供科学家们使用,有助于开发新的癌症生物标志物

参考资料:

Josh N. Vo et al. The Landscape of Circular RNA in Cancer. Cell, 2019, doi:10.1016/j.cell.2018.12.021.


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来源:生物谷

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