我不太清楚你输的是什么序列，我大概说一下可能的问题。1.他要求同时输入两种序列，一种是你的PCR产物的测序结果，一般是seq格式或者是多个seq格式的压缩文件，还有一种是你PCR产物对应的基因组序列，即未亚硫酸氢盐处理的序列，作为模版与你的测序序列相比较。2.他在分析时有一系列的指标，比如mismatch不能超过多少，亚硫酸氢盐转化效率不能低于多少等等，如果你的测序结果经过分析不符合这些标准也不能产生图。不知道这些能不能帮到你，或者你可以传一下你输入序列后产生的截图，这样更方便看是什么问题。

BIQ我没用过，我一般用QUMA出图，我的图中一般也会有黑白圈中间有时也会出X，代表碱基突变，因为我不是用的高保真酶扩增的，你可以自己手工比较你的测序结果和原始的gDNA亚硫酸氢盐处理后的序列，比较CG位点是否有突变

你上传的序列全部被excluded了啊，不符合它的要求，你看一下你的转化效率，或者是否错配太多？你把下面那部分的图传一下，那部分图上面标题写了亚硫酸氢盐效率，等一系列标题，你看是哪个不符合要求

看你这个序列的结果，你的碱基错配和亚硫酸氢盐转化效率都比较低，我不知道你是否有阳参？你可以考虑手动将测序结果和原始基因序列比对一下，我倾向于你这个测序的结果不是你的目的基因，你可以搜搜文献找一个阳性参照一起做，因为甲基化这个实验周期比较长，分子克隆过程中容易出现污染或者其它问题，有一个阳性参照会好很多。另外我不知道你割胶回收后是否跑胶验证了一下条带，加上测序前是否酶切验证过等等质控