可以的。从楼主说的意思，可以看出，应该是先用二氯甲烷-甲醇把极性小的物质冲出来，然后再用甲醇水冲出极性大的物质。这是可以的。不过收集甲醇-水冲出来的物质，注意要重结晶，否则会有硅胶等无机杂质的。

可以的，不用重结晶，过出来的产品浓缩至干，用二氯甲烷或乙酸乙酯溶解，过滤，再次浓缩干就可以了。水对硅胶溶解性大，肯定会有硅胶含在里面的。

如果做小实验还可以，如柱子很短，如果长了就不合适了，一是甲醇对硅胶有一定的溶解，二是流速很慢。因此应该和极性弱的一起用。

不太明白，如果是甲醇和水做洗脱溶剂的话，肯定会有很多的硅胶溶解到产物里面。就算你分出来产品了，怎么除去硅胶是个大问题啊，像楼上的说法先浓缩干再用EA或DCM溶解后过滤肯定不行，它们要是能溶解的话还用甲醇水干嘛啊，直接用他们柱层析不就完事了吗。我的建议是你可以采用中药分离的办法，采用树脂柱，这样就解决了困扰你的问题了。很可能最常用的D101树脂就能分离你的产品。