有没有工具能够针对某一特定片段（3'UTR）预测与其作用的microRNA

目前有没有工具能够针对某一特定片段（3'UTR）预测与其作用的microRNA？因为我最近在做3'UTR上的一个突变，想确认这个点突变是否会引入一个新的microRNA作用靶点，而常用的预测软件好像都是针对一个大的基因或者microRNA来进行预测的

请指教

遗传学生物信息学基因工程

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这个软件倒是真的没有见过，不过你可以把你的序列用RNA22这个软件和一些你认为可能的miRNA预测一下，不过话又说回来，软件预测只是局限于预测，到底有没有你又怎么知道呢，说不定你的突变真的会引起很大的变化，但是在相同的情况下，你共转染你的突变以及3'UTR上的一个突变，到底这2个之间有没有功能还是比较清楚的，所以再预测也只是一种心理安慰。

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2024-04-15 16:24:54

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试试这几个网站，应该都不错的！截图20180522171820.png

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2024-04-15 16:31:19

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mirbase就可以输入UTR序列预测

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2024-04-15 16:46:38

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你是说需要一个stand alone的工具，而不是pre-computed的结果吧？
一般的miRNA target预测工具需要考虑保守性因素，这些信息很难集成到stand alone的工具里面，加上miRNA本身数量也是有限的，所以一般都是给你一个算好的dataset，可以直接计算的，我知道有miRanda和PITA。miRanda是老牌的target预测工具了（miRBase那个组做的），标准的流程也是需要保守性信息的，不过你可以不用，直接对你的sequence做预测。PITA是07年出的，主要考虑的target区域的二级结构，不引入保守性信息。由你的工作背景，可以想到的可能性有：1、点突变产生了一个新的Seed match区域；2、点突变导致局部RNA二级结构的变化。因此我觉得PITA可能会比较适合你的需要，并且在我的工作里面,PITA确实比miRanda效果要好。当然，如楼上说的，最终还是用实验鉴定才是可靠的。

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2024-04-15 16:56:30

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提问时间：	2024-04-15
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有没有工具能够针对某一特定片段（3'UTR）预测与其作用的microRNA

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