我做两个蛋白的相互作用，二者都是转录因子。做了双向的免疫沉淀（用的是核蛋白）和质谱，证实二者存在相互作用。在做免疫荧光验证时，却发现二者虽然表达位置相同，但都是胞浆表达，为什么呢？
这两个蛋白是做什么细胞中表达的？是重组表达的吗？蛋白出现在胞浆是正常的。请问在核内是否检测到了？
若你的IP实验结果可信无疑，建议首先排除IF中所用抗体的特异性，以排除实验的假阳性
转录因子在细胞质中翻译,在细胞质中检测到是应该的,但在核中检测不到就不应该了,你检测的是内源表达的蛋白吧?如果是内源,就不太正常,抗体是否有问题? 如果是外源表达,那就的分析一下,是否有Tag?如果有是接在那一端了,是否影响信号肽?如果不影响,用Tag的抗体试试.；也要检查你的基因是否有Isoforms,而有的Isoforms没有完整的信号肽,但还可以被你的抗体检测到.如果怀疑抗体(包括二抗)有问题,应该加以个阳性Control.
