首先要弄清楚 intronic intergenic的概念. 但是注意intronic未必就和host gene一样.关于pri-miRNA的研究其实不多,如果你仅仅想检测pri-mRNA的表达,不需要从转录起始位置设计.只要在pre-miRNA序列之外,暂时可以认为是pri-miRNA了(当然也有例外比如mitron,还有未知道的特例).realtime-PCR 引物设计一般限制在200bp左右,那么这个范围可以代表pri-mRNA.ABI有现成的引物提供,也可以通过文献找,我印象中几篇paper提供了一堆引物序列.如果要对剪切进行研究,那么建议看下韩国的Narry Kim的文章,会对你有帮助，TSS也仅仅是按照以往基因研究中的规则进行的预测.miRbase中有一部分预测结果已经注释出来.因为转录剪切这个领域没有太多的人在做,所以很多规则只能先按照以往基因转录的原则来进行.

1.可以查到 基因组上的5 3 flank序列，但是初级转录本 很多大部分miRNA都没研究透， 所以查不到。2.很多启动子分析软件都行吧。具体实验确定估计得做race之类的，不知道是不是，同求教。3.如果确定某miRNA表达水平，几乎所有的文献都是根据成熟体序列设计引物

 其实miRNA基因的转录与蛋白编码基因的转录一样，看懂了后者就能做前者

引物延伸实验测定转录起始位点。也可以在UCSC上找

这个可以在miRbase 数据库中，输入您的目标mir之后，会有一个view flanking sequence的链接，点击之后就可以看到上游的tss位点