我的shRNA需要双酶切后将连进去的片段回收，片段大小是59bp，但是酶切很多次跑电泳都跑不出来。开始怀疑是内切酶的问题，后来内切酶也都换新的，跑电泳的过程中有加质粒的对照，相比之下应该是切开了，但就是跑不出目的片段，郁闷之极，求大家给出出主意！谢谢
59bp的片段太小，如果用琼脂糖电泳分离的话，效果不好，而且因为量太少，琼脂糖电泳基本看不到，建议用PAGE分离。
片段太小，很容易弥散，直接测序就可以。
如果你要通过酶切来初步判断是否正确，建议你在shrna的序列末端，就是那连续几个TTTTTT的后面加上一个酶切位点，这个酶切位点不同于你克隆shRNA序列到载体的那个，同时载体的其他位置也存在这样一个酶切位点，这样单酶切后，就会生成一个比较大的片段，可以很容易的通过跑胶来进行判断了。我就是这样做的，如果插入的shRNA正确，单酶切后会产生一个1500bp的片段。
