上小柱和上大柱是有不同的，小柱量小，相对来说样品也没有上大柱样品深，所以在洗脱的时候颜色就会相对来说浅一点，或许有，你只是没有观察到。柱子的色带移动与否，总体来说还是样品及与你洗脱的极性有关，不知道你最后冲完柱子时，重合的色带是否下来，冲下来说明先前你的那个极性对下线色带还是太小，只对色带前沿适当。你的生物碱时否有颜色，若有，可以关注生物碱的色带，若没有，则在增加极性的同时请还是参看点板，依据点板的结果来增加极性，这才是重点。最后，在做植化得时候，会碰到很多解释不了的现象，这是只要多积累就好了。现象可以不用解释，只要能用到实践中就好了。

在选择好洗脱剂的种类时 ，如何掌握好配比就是很重要的，一般来说，是把洗脱剂的比例刚好使你的A物质跑到RF =0.1就可以了,0.3有点太大了。调极性很重要，这样会节省你的很多时间，而且对你A物质的下来的极性也有一个初步的把握，在冲到这个极性时如还不下来，极性的梯度加大也要缓慢点。所以你说的加大极性是否已经接近是A物质达到RF=0.1的这个比例？没有到最后卸柱时请一定要对自己充满信心，我看你的情况好像还没有到甲醇这一步，所以请耐心点。

可以考虑拌样上柱，柱子变短加粗，以最快的速度冲完，减少死吸附。硅胶柱对生物碱的死吸附还是很厉害的，所以硅胶柱只能用一次，然后采用反相凝胶之类的分离方法试一试吧。记住都得加二乙胺的。

听实验室的师兄说过，可以把上柱前的硅胶碱处理，用NaoH的醇溶液拌好硅胶后，烘干，碱就吸附在硅胶上了。然后再装柱，上样，洗脱。这样硅醇基被饱和，也就不能在吸附样品中的生物碱。不过具体碱的浓度应该是要摸索的。做制备薄层时也可以用这样的碱板，之前药用小板摸好碱的浓度。可以在配制CMC-Na时用碱水来溶解CMC-Na。你可以试一下。

用硅胶柱分离生物碱类化合物很容易造成死吸附的，我怀疑你的样品是不是被硅胶柱给吸附了。在你加大洗脱剂的极性时，样品会缓慢的解吸附，自然色带的上线会向下线移动。但是又被下面的硅胶所吸附，所以色带的颜色因为样品的移动而逐渐会变浅或者消失，因为色带发生了扩散所以慢慢就看不见颜色了，而样品还是没有被冲下来，你浓缩后也看不到目标化合物。我感觉应该是这样的，不知道正确否。