2022-05-28 15:23:43

为什么STRING.DB和DAVID的KEGG分析结果不一样?

我有一组基因,大概600个,分别在STRING.DB和DAVID两个网站做了KEGG分析,但是结果却不一样。输入的是同一个基因列表,但是STRING.DB出来的有590多个都在KEGG的pathway里面有显示,而DAVID的KEGG分析结果里面只包含230多个我的基因。请问如何改进?

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1个回答

以下是我的建议:
1.如果你的基因列表是基因名,那么,有可能因为改名等原因导致网页工具识别不了该基因名。所以,确认你的基因列表是entrez id 或
ensemble ID 。
2.建议使用STRINGS的结果,因为它的数据库目前是一直更新的。相反,DAVID的数据库已经不更新了。你可以在他们的网页分别看到数据库版本信息。
3.如果你用600个基因,很可能没有显著富集的pathway。建议你减少基因数目。    

2022-05-28 15:51:14

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