2024-03-26 11:53:37

如何预测一个蛋白是否和一个基因有相互作用?

我想知道一个蛋白是否和某一个基因有关系(比如STAT3和nanog基因的启动子),应该通过什么软件或方法进行预测呢?


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生物信息学×

4个回答

方法很多,可以先看这两个基因的基本信息及已发表文献当中有无报道他们之间相关性或相互作用,可以上http://www.genecards.org/查询,也可以上http://www.genome.jp/kegg/查询其所在信号通路位置、关系及相互作用。如果该蛋白是转录因子,那么还可以通过以下网站预测其靶基因和结合位点,http://www.biobase-international.com/product/transcription-factor-binding-sites;http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/TRED/tred.cgi?process=home


2024-03-26 12:13:37

预测思路:1.得到nanog的promoter序列。http://www.google.com.hk/#newwindow=1&q=promoter+database&safe=strict,2.对promoter上结合的转录因子进行预测分析。http://www.google.com.hk/#newwindow=1&q=transcription+factors+binding+prediction+&safe=strict


2024-03-26 12:20:11

在encode数据中,看看有没有相关的chip记录

http://www.plosbiology.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pbio.1001046



2024-03-26 12:24:09

在文献中,看看stat3-/-的mice或细胞中,nanog的表达情况。


2024-03-26 12:25:38

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