2024-02-23 06:41:33

这里基因层面的技术该如何实现?

最近读到一篇文章,说的是某种microRNA调控肺纤维化的EMT(上皮间质转换)过程,文章中最让我觉得吃惊的,是作者使用基因层面的方法证明了EMT在肺纤维化中起了作用,然后找出了目标的microRNA和其调控的mRNA,后面就用一系列实验来验证,作者的做法是:在Gene Expression Omnibus网站下载了别人做的对比肺纤维化和正常人的基因芯片的数据,找出差异表达的mRNA,然后和Gene Ontology database中EMT通路(GO:0001837)进行对比,发现EMT相关基因79个,有50个是在这些mRNA里面,其中有35个是差异化表达的mRNA,进行聚类分析后发现有两个表达的cluster,从而证明EMT在肺纤维化中的作用,然后作者同样下载了miRNA的数据,发现其中一种差异化表达的microRNA调控最多的EMT相关基因,有一种EMT相关基因是被最多差异化表达的microRNA所调控。最终选出了目标的microRNA和对应的靶基因mRNA,后面就用一系列实验来验证,我想请教下,上面提到的基因层面的技术该如何实现?在Gene Expression Omnibus里面应该怎么找?譬如我想找另外一个疾病和正常人的mRNA和miRNA对比数据,我该怎么检索?然后如何跟EMT通路(GO:0001837)进行对比?我看文章中给出的P值是9.01E-4,这个是什么?

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前面的方法证明了EMT在肺纤维化中起了作用,然后找出了目标的microRNA和其调控的mRNA,后面就用一系列实验来验证,作者的做法是:在Gene Expression Omnibus网站下载了别人做的对比肺纤维化和正常人的基因芯片的数据,找出差异表达的mRNA,然后和Gene Ontology database中EMT通路(GO:0001837)进行对比,发现EMT相关基因79个,有50个是在这些mRNA里面,其中有35个是差异化表达的mRNA,进行聚类分析后发现有两个表达的cluster,从而证明EMT在肺纤维化中的作用,然后作者同样下载了miRNA的数据,发现其中一种差异化表达的microRNA调控最多的EMT相关基因,有一种EMT相关基因是被最多差异化表达的microRNA所调控。最终选出了目标的microRNA和对应的靶基因mRNA,后面就用一系列实验来验证

2024-02-23 07:58:31

E值应该是富集分析的一个p值。文章的思路比较正常,思路也不算创新吧,比较经典的思路算是。至于数据检索那块就不太清楚了,一般是查文献,有相关的文献再去找文献的数据,这相当于数据的再利用,一般不会没相关文章就把数据共享的大善人吧


2024-02-23 08:03:50

对比肺纤维化和正常人的基因芯片的数据,找出差异表达的mRNA,这个通过全基因组测序应该比较容易实现的,找出差异表达的基因即认为在肺纤维化过程中可能起作用的基因,这些技术有公司专门做的。


2024-02-23 08:06:37

登陆Pubmed里面的Geo dataset进行检索


2024-02-23 08:09:02

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