2024-02-28 11:49:22

怎么用GO对一个基因序列进行注释?

我现在手里有几条别人预测出来的新基因的序列,在NCBI和KAAG上都没有比对到相应的功能,请问怎么利用GO数据库对这些序列进行功能注释呢,请大家指点,多谢了~

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3个回答

GO功能数据库中是已知基因的功能注释,你要对未注释的基因进行注释的话,有几个小建议可以参考:(1)co-expression,与protein-coding 基因做共表达分析,然后对显著共表达的基因进行功能富集分析。(2)si-RNA干扰实验后RNA-seq测序,对干扰前后显著变化的基因进行功能富集分析。(3)在基因组上寻找其附近的基因,根据附近基因的功能进行推测。

2024-02-28 13:13:42

GO只是基因的注释,你可以在全基因组进行比对找同源,然后看GO注释


2024-02-28 14:26:12

如果是新基因,在ncbi上也没有找到匹配的已经注释的序列,那就够呛了。不过你还是可以到GO注释的一系列相关网站上进行搜索看看,其基本的原理就是先在它自己的库中比对,看看匹配上哪些已经注释的蛋白,然后就认为你的基因也具有相似特征,当然,这个特征是从三个层面来描述的,不限于功能描述。即使有匹配,也不一定准确,因为有些注释是通过实验验证过得,有的只是机器注释的,但没有验证,所以结果可信度也是要区别对待

2024-02-28 14:52:51

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