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2024-04-08 15:04:16
如何在UCSC查找基因的DNA全序列？想查一个基因的DNA全序列（包括启动子、3’-UTR等等），经推荐UCSC，进去一查，傻眼了，那么多信息，什么是我需要的啊？！！都说UCSC很强大，可是作为一般人，貌似很多功能都用不到吧，太多信息充斥在页面里面，一点都没有NCBI好，需要什么功能，都列表列的清清楚楚，界面也很清爽，而UCSC，怎么辣么多选项/琐碎信息？？求助大侠看看这下面的界面怎么使用，我看的头昏眼花。。 比如：我要查小鼠 这个基因 ALG13 的全DNA序列（包括启动子、3’-UTR等等） 第一步： 第二步： （这个界面我只知道输入基因名称，中间的好几个直线图是代表什么意思？ 还有，下面的几十个选项有什么用途？） 第三步：（冒出这么多信息，看的眼花） 所以，求助各位大侠，我只是一个小小的愿望（查询某个基因的DNA全长），怎样灵活地使用UCSC ？谢谢！ |
7个回答
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可以在定位框中输入基因名称，也可以直接输入核苷酸的坐标值，例如SNP的rs号。碱基位置中间几个直线图是UCSC的特色：可视化缩放条（包括染色体表意图和好多track的示意图）。下面几十个选项是用户自定义显示项目，用户可以选择缩放条的缩放倍数，反向显示序列，移动当前显示的序列物理位置等等，修改显示后点refresh按钮刷新显示。现在的UCSC网站是改版之后的，以前的UCSC界面还算清爽。 |
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这个其实和NCBI里的一样，你的最后一张图上Refseq就是呀,NM_026247就是在转剧本，点进去应该能找到 |
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都是一个基因的不同转录本，mRNA基本很大部分都是相同的，两个转录本，gene列表里1和3都是非编码RNA，一般研究不会做到不同转录本那么细致，选其中一个转录本就就可以了 |
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我一般习惯用NCBI，最近学了用UCSC看组蛋白的甲基化情况，然后就是看基因的启动子，其余的一般都用NCBI看 |
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UCSC除了可以查启动子外显子内含子，还可以①定位源序列在基因组中的位置，②查找源序列的上、下游基因，③查看基因组注释信息（如CpG岛，EST等），④BLAT和in Silico PCR搜索序列等等。既然叫基因组浏览器，主要是以网页分析工具、浏览定位序列 为主要功能。。NCBI和Ensembl 的使用广泛程度还是比UCSC高得多，用不习惯UCSC就试试NCBI 或Ensembl ，都差不多。 |
