我想问如何设计一个基因不同转录本的定量引物，我通过European在线比对以后，发现4个转录本序列的不同之处，据说是要根据各个转录本的特殊位置设计引物，但是我比对了以后发现每个转录本的特殊序列总会有另一个转录本跟他一样，就是我找不到这个转录本自己的独一无二的所谓的特殊序列，这种情况下我该如何设计定量的引物呢！下图是我比对的结果：
直接用ncbi primer blast设计
在基因水平貌似只能间接地计算表达量，先得到几条序列总的CT值，然后逐条相减得出每条的CT。可以看下表达成蛋白之后是否有明显差异，然后用western blot来做。
理论上肯定是有独一无二序列的，要不然这那不就是一样的转录本了吗？只是可能qPCR引物在那个区段设计出来效果欠佳。如果这样不妨用特异性反转录引物首先就区分出不同的转录本，然后结合特异性qPCR引物肯定是可以做的。不过看你这转录本这么长。后面做功能要是做个过表达什么的也够你呛的。
