2020-07-01 02:27:40

做表达谱研究选择基因芯片还是高通量测序合适?

小白刚接触表达谱。近期老板安排让做表达谱,主要是小鼠在处理后的mRNA表达情况。查了英文文献发现基本上用基因芯片(2011-2016)做的,但看国内一些网站和资料更推崇DGE进行高通量测序,所以请教表达谱方面的行家,这两个选择哪种更好,DGE是不是快而便宜?另外,国内做表达谱的实验室哪几家做的好些?


回答 0 评论
您已邀请来回答问题
基因工程×

6个回答

如果楼主的目的基因不明确或想找寻新的基因,可以用表达谱基因芯片(microarray)或转录组测序的方法检测,这样做的好处是通过高通量筛选基因,比较全面地了解实验组和对照组所有基因的表达情况,但这又是一把双刃剑,产生的数据量比较大,需要花费大量时间通过生物信息学分析和文献来确定目的基因,再用qPCR方法验证。 若确定研究主题和方向,还可以选择另外一种方法:PCR芯片(PCR array)。它是根据qPCR原理设计而成,通过数据库与文献锁定与研究主题紧密结合的几十个到上百个基因(如96孔规格,可检测88个目的基因,余下8个为质控),可根据研究主题,选择不同的PCR芯片系列(如癌症,干细胞等)进行表达谱分析。这个方法更适合靶向研究,目的性较强。


2020-07-01 02:57:34

DGE是数字表达谱,2009年测序价格比较贵,所以有了DGE技术进行表达定量,其原理是对ploya前面几十bp的碱基进行测序,然后根据这些表达标签在每个基因上的堆叠数量确定表达水平,现在随着测序价格下降,已经很少有人用了,现在转录测序主要是rna-seq。基因芯片是上世纪技术,基于基因特定序列和25bp或者60bp的探针互补杂交后,根据基因片段化后的荧光标记亮度来确定表达量的,所以基因芯片上的基因都是已知的,需要确定该芯片设计的基因组版本是否是当前主流,有点在于快,技术成熟稳定,当然,affy探针是激光原位合成的,而安捷伦等芯片是打印的,至于选择哪家公司检测,看自己喜好,基因芯片规定是可以洗涤3次的(温度上升解链后洗涤),洗涤后会使得探针簇密度发生变化,所以,只要确定该公司不洗涤芯片,就可以。rna-seq关注点主要就是测序平台的选择,如果关注基于rna-seq的snp,最好是hiseq2500的4色荧光判断碱基构成,另外一个就是库长,现在主流hiseq基本都是双短150的,所以库长在300以上不会造成数据浪费,另外一个就是数据量,6gb数据其实就是40m reads,注意转录确定表达量就是要看reads数量的,和测序长度关系其实不大,所以miseq会显得成本过高,x10现在是主流了(主要是便宜)。另外看特殊需求,是否需要链特异建库,主要好处是能够更好的分辨lnc或者环状rna。一般看表达,白皮书说最低需要10m reads。测序的好处就是数据可以和以前的测序数据联合分析,批次问题及参考基因组版本问题相对于芯片影响不大(测序是数reads得到表达量,芯片是杂交荧光信号,所以芯片不同批次间因为杂交温度,环境等问题很难标准化在一起,并得到很好的聚类结果)。当然,测序还有一种模式是单端测序,适合短片段的比如小rna,pirna等特定需求的测序(双端测序由于库长原因(长度不够无法形成桥式pcr),所以不建议双端测序平台)。至于公司,找到自己有测序平台的,具有经验的即可,现在价格都差不多,当然,还有数据分析。如果只是看表达,现在好像有种靶向转录组,没用过,你可以了解下。


2020-07-01 02:57:49

楼主做的是小鼠,总体来说芯片也是比较成熟的,相对于测序来说,周期应该差不太多(如果芯片已经有备货的话)。楼上已经有朋友回复了,芯片主要检测的是已知基因,主要有Agilent,Affxy等公司的小鼠表达谱芯片,国内提供芯片技术服务的公司也很多,博奥、伯豪等等很多。相对于芯片平台来说,测序的公司就更多了,华大、诺禾等等,很多。楼主可以多找几家公司,从研究的目的(是否关注未知基因)、周期(如果选择芯片的话,要考虑芯片的备货周期,看是否有现货)、价格、技术支持等方面综合比较。



2020-07-01 03:06:15

如果楼主的目的基因不明确或想找寻新的基因,可以用表达谱基因芯片(microarray)或转录组测序的方法检测,这样做的好处是通过高通量筛选基因,比较全面地了解实验组和对照组所有基因的表达情况,但这又是一把双刃剑,产生的数据量比较大,需要花费大量时间通过生物信息学分析和文献来确定目的基因,再用qPCR方法验证。若确定研究主题和方向,还可以选择另外一种方法:PCR芯片(PCR array)。它是根据qPCR原理设计而成,通过数据库与文献锁定与研究主题紧密结合的几十个到上百个基因(如96孔规格,可检测88个目的基因,余下8个为质控),可根据研究主题,选择不同的PCR芯片系列(如癌症,干细胞等)进行表达谱分析。这个方法更适合靶向研究,目的性较强。


2020-07-01 03:13:37

 以我的经验,只有做芯片或者转录组测序,做DGE比较鸡肋,意义不大。芯片比较快捷,得到信息较少,但能够满足表达检测的需求;转录组测序除了已知基因的表达外,还能得到SNP/Indel等信息,同时还能用于查找新的转录本,价格与芯片差不多。建议做转录组测序。阅微基因具有专业的技术人员,在行业内有十年的经验,还是值得信赖的。


2020-07-01 03:19:05

总体来讲NGS的数据更经济一些,不同的芯片类型除了平台差异外,主要是所检测基因的不同,如果真的不知道怎么选的话,就直接做RNA-seq吧。


2020-07-01 03:28:54

你的回答