一般而言，转录起始位点的上游就是传统意义上的promoter区。当然，5‘UTR上也会存在调控元件。一般，核心的启动子区大概在3k范围。那么，转录起始位点如何确定？目前比较准确的方法有RACE。古老的方法还有primer extension。RNA protection assay。都有现成的试剂盒。当然，数据库也有，就是日本的DBTSS，它都是通过高通量实验得到的数据。我不知道你的文章具体设计。我看到在nature genetics上有人将ATG前端5K拿下来当promoter区。但是很不严格。在NAR上 Weng Zhiping有文章反驳这种草率的方法。我推测，你的意思是A蛋白对B顺式元件的调控。如果是这样，那么你只需将A可能在B上的结合位点覆盖就可以了。这就需要尽可能长，也要尽可能短。当然，如果借助软件分析，你还需要做保守性的结合位点的预测。理论上要注意不要引入第二个读码框，有可能造成luciferase的不表达。

可以先把B基因的转录起始位点上游的2000bp克隆进pgl3中，然后在共转染过表达的A基因。