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今天把最常用的一些的实用数据库汇总整理了一下：

• 基因表达数据集

GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/）

ArrayExpress（https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/）

TCGA（https://cancergenome.nih.gov/）

• miRNA分析预测
  

starBase（http://starbase.sysu.edu.cn/）

miRTarBase（http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php）

miRWalk（http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/）

miRBase（http://www.mirbase.org/）

TargetScan（http://www.targetscan.org/）

DIANA（http://diana.imis.athena-innovation.gr/）我好像发现了一个miRNA各种软件的大本营……

mirDIP（http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/）不吹不黑，这个数据库真心好用！

• 基因信息

GeneCards（https://www.genecards.org/）准备国自然基金，这两个数据库好用到爆！

BioGPS（http://biogps.org/）国足都赢了，你竟然还不知道这些基因信息数据库？

UCSC（http://genome.ucsc.edu/）这是一个神奇的网站：UCSC Genome Brower

• 转录因子、启动子、泛素化修饰
  

iregulon（http://iregulon.aertslab.org/）转录调控一站式工具——iRegulon

TFcheckpoint（http://www.tfcheckpoint.org/）

Promoter（http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/）

UbiBrowser（http://ubibrowser.ncpsb.org/）高大上的研究怎能少了此等神器？

• lncRNA

DIANA（http://diana.imis.athena-innovation.gr/）如果miRNA神器只能推荐一个，就是这个了！

StarBase（http://starbase.sysu.edu.cn/）Starbase重新上线，广大科研汪的福音来了！

• circRNA

circBase（http://www.circbase.org/）

StarBase（http://starbase.sysu.edu.cn/）一篇10分文章教你写circRNA的研究路线

• 基因功能分析

DAVID（https://david.ncifcrf.gov/）

Metascape（http://metascape.org/）超好用的基因功能分析网站！

XTalkDB（http://www.xtalkdb.org/）在信号通路中迷了路？

• 蛋白质互作

STRING（https://string-db.org/）

MINT（mint.bio.uniroma2.it/）

BioGrid（https://thebiogrid.org/）

GeNets（http://apps.broadinstitute.org/genets#）换种姿势做PPI分析

• TCGA数据库分析
  

GEPIA（http://gepia.cancer-pku.cn/）

cbioportal（www.cbioportal.org/）

Oncomine（https://www.oncomine.org/）如何从Oncomine找到可以直接放到文章里面的结果？

UALCAN（http://ualcan.path.uab.edu/index.html）

Kaplan Meier Plotter（http://kmplot.com/analysis/）TCGA数据库挖掘分析，这个网站好用到爆！

LinkedOmics（http://www.linkedomics.org/）分析TCGA数据库的工具这么多，我就只服这一个！

• 药物相关

L1000FWD（http://amp.pharm.mssm.edu/L1000FWD/）又全又好用的药物数据库看过来！

TCM@Taiwan（http://tcm.cmu.edu.tw/）

TCMGeneDIT（http://tcm.lifescience.ntu.edu.tw/）

TCMID（http://www.megabionet.org/tcmid/）中药研究，这些数据库能帮你拿到基金！

• 疾病相关

MalaCards（http://www.malacards.org/）

Lncrnadisease（http://www.cuilab.cn/lncrnadisease）疾病研究找不到方向怎么办？

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