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1996年-2000年清华大学生物科学与技术系学士
2000年-2004年美国普林斯顿大学分子生物学系，博士
2005年-2007年 美国普林斯顿大学分子生物学系，博士后
2007年-至今清华大学教授、博士生导师
2017年5月7日从清华大学证实，颜宁已接受美国普林斯顿大学邀请，受聘该校分子生物学系雪莉·蒂尔曼终身讲席教授的职位。
2011年8月获国家杰出青年科学基金资助
2012年获霍华德·休斯医学研究所国际青年科学家奖
2012年12月获中国青年女科学家奖
2014年12月入选选教育部"长江学者奖励计划"特聘教授
2015年2月获国际蛋白质学会"青年科学家奖"，表彰其在跨膜物质运输的结构生物学领域所做出的一系列杰出工作
2015年10月获赛克勒国际生物物理奖，表彰其对包括具有里程碑意义的人源葡萄糖转运蛋白GLUT1在内的关键膜蛋白的结构生物学研究做出突出贡献
2016年6月因观察到了蛋白质在原子层面如何工作，并对细胞膜上嵌入蛋白质的结构展开了深入研究，入选《自然》杂志评选的"中国科学之星""(Science stars of China)
2016年12月基于"肌肉兴奋-收缩偶联的分子机理探索"项目入选2016年度"中国高等学校十大科技进展"
2017年3月15日，华人盛典组委会公布颜宁获得 2016-2017 年度 "影响世界华人大奖" 提名。
2017年12月15日，获“影响中国”2017年度科技人物
代表论文：
Sun L， Zeng X， Yan C， Sun X， Gong X， Rao Y， Yan N. Crystal structure of a bacterial homologue of glucose transporters GLUT1–4. Nature， 2012； 490：361–366.
Yin P， Deng D， Yan C， Pan X， Xi JJ， Yan N*， Shi Y*.Specific DNA-RNA Hybrid Recognition by TAL Effectors. Cell Rep. 2012； Sep 26. Epub ahead of print (co-corresponding authors)
Deng D， Yin P， Yan C， Pan X， Gong X， Qi S， Xie T， Mahfouz M， Zhu JK， Yan N*， Shi Y*. Recognition of methylated DNA by TAL effectors. Cell Res. 2012；22(10)：1502-4. (co-corresponding authors)
Zhang X， Ren W， DeCaen P， Yan C， Tao X， Tang L， Wang J， Hasegawa K， Kumasaka T， He J， Wang J， Clapham DE， Yan N. Crystal structure of an orthologue of the NaChBac voltage-gated sodium channel. Nature. 2012；486(7401)：130-4.
Tian Xie， Ruobing Ren， Yuan-yuan Zhang， Yuxuan Pang， Chuangye Yan， Xinqi Gong， Yuan He， Wenqi Li， Di Miao， Qi Hao， Haiteng Deng， Zhixin Wang， Jia-Wei Wu and Nieng Yan. Molecular Mechanism for Inhibition of a Critical Component in the Arabidopsis thaliana Abscisic Acid Signal Transduction Pathways， SnRK2.6， by Protein Phosphatase ABI1. J Biol Chem. 2012； 287：794-802.
Dong Deng， Chuangye Yan， Xiaojing Pan， Magdy Mahfouz， Jiawei Wang， Jian-Kang Zhu， Yigong Shi*， and Nieng Yan* Structural basis for the specific recognition of DNA by TAL effectors. Science. 2012； 335(6069)：720-3， Epub： 2012 Jan 5. (* indicates corresponding authors).
Hao Q， Yin P， Li W， Wang L， Yan C， Lin Z， Wu JZ， Wang J， Yan SF， Yan N. The molecular basis of ABA-independent inhibition of PP2Cs by a subclass of PYL proteins.Mol Cell. 2011；42(5)：662-72.
Lu F， Li S， Jiang Y， Jiang J， Fan H， Lu G， Deng D， Dang S， Zhang X， Wang J， Yan N. Structure and mechanism of the uracil transporter UraA. Nature. 2011；472(7342)：243-6.
Dang S， Sun L， Huang Y， Lu F， Liu Y， Gong H， Wang J， Yan N. Structure of a fucose transporter in an outward-open conformation. Nature. 2010；467(7316)：734-8.
Yuan X， Yin P， Hao Q， Yan C， Wang J， Yan N. Single amino acid alteration between valine and isoleucine determines the distinct pyrabactin selectivity by PYL1 and PYL2. J Biol Chem. 2010； 285(37)：28953-8.
Hao Q， Yin P， Yan C， Yuan X， Li W， Zhang Z， Liu L， Wang J， Yan N. Functional mechanism of the abscisic acid agonist pyrabactin. J Biol Chem. 2010；285(37)：28946-52.
Qi S， Pang Y， Hu Q， Liu Q， Li H， Zhou Y， He T， Liang Q， Liu Y， Yuan X， Luo G， Li H， Wang J，Yan N*，Shi Y*. Crystal structure of the Caenorhabditis elegans apoptosome reveals an octameric assembly of CED-4. Cell. 2010；141(3)：446-57. (co-corresponding authors)
Wang Y， Huang Y， Wang J， Cheng C， Huang W， Lu P， Xu YN， Wang P， Yan N*， Shi Y*. Structure of the formate transporter FocA reveals a pentameric aquaporin-like channel. Nature. 2009；462(7272)：467-72. (co-corresponding authors)
Yin P， Fan H， Hao Q， Yuan X， Wu D， Pang Y， Yan C， Li W， Wang J， Yan N. Structural insights into the mechanism of abscisic acid signaling by PYL proteins. Nat Struct Mol Biol. 2009；16(12)：1230-6.Prior to 2007
Yan N， Shi Y. Allosteric activation of a bacterial stress sensor. Cell. 2007；131(3)：441-3.
Wu Z*， Yan N*， Feng L*， Oberstein A， Yan H， Baker RP， Gu L， Jeffrey PD， Urban S， Shi Y. Structural analysis of a rhomboid family intramembrane protease reveals a gating mechanism for substrate entry.Nat Struct Mol Biol. 2006；13(12)：1084-91.(co-first authors)
Yan N， Huh JR， Schirf V， Demeler B， Hay BA， Shi Y. Structure and activation mechanism of the Drosophila initiator caspase Dronc. J Biol Chem. 2006；281(13)：8667-74.
Yan N， Xu Y， Shi Y. 2：1 Stoichiometry of the CED-4-CED-9 complex and the tetrameric CED-4： insights into the regulation of CED-3 activation. Cell Cycle. 2006；5(1)：31-4.
Yan N， Shi Y. Mechanisms of apoptosis through structural biology. Annu Rev Cell Dev Biol. 2005； 21：35-56.
Yan N， Chai J， Lee ES， Gu L， Liu Q， He J， Wu JW， Kokel D， Li H， Hao Q， Xue D， Shi Y. Structure of the CED-4-CED-9 complex provides insights into programmed cell death in Caenorhabditis elegans. Nature. 2005； 437(7060)：831-7.
Yan N， Gu L， Kokel D， Chai J， Li W， Han A， Chen L， Xue D， Shi Y. Structural， biochemical， and functional analyses of CED-9 recognition by the proapoptotic proteins EGL-1 and CED-4. Mol Cell. 2004； 15(6)：999-1006.
Yan N， Wu JW， Chai J， Li W， Shi Y. Molecular mechanisms of DrICE inhibition by DIAP1 and removal of inhibition by Reaper， Hid and Grim. Nat Struct Mol Biol. 2004；11(5)：420-8.
Yan N， Shi Y. Histone H1.2 as a trigger for apoptosis. Nat Struct Biol. 2003；10(12)：983-5.
Chai J*， Yan N*， Huh JR， Wu JW， Li W， Hay BA， Shi Y. Molecular mechanism of Reaper-Grim-Hid-mediated suppression of DIAP1-dependent Dronc ubiquitination. Nat Struct Biol. 2003；10(11)：892-8. (co-first authors)