都要做的吧 -我认为内参可以起到作为体系的对照，非磷酸化抗体的结果本身在不同的条件下可能本身就有不同，不知道我说清楚了没有，普通的内参，如actin、GAPDH等和非磷酸化的抗体都要做。普通内参保证了western操作电泳上样量一致，排除体系本身的影响。将磷酸化抗体的结果和非磷酸化抗体的结果的比值作为某种刺激（药物作用）对信号通路中某种酶磷酸化程度的影响，这种表述实验结果的方法是最客观的，也是必需的。如果不做普通内参，不能说明最后实验结果（磷酸化抗体检测目的蛋白的变化）是因上样量不同而致还是因药物（外界刺激）作用而致。如果不做非磷酸化抗体，也可能本身药物（外界刺激）作用能够导致该蛋白量和磷酸化程度都有改变，对这种双重改变表现不出来，会直接影响后续结果的分析。

一般来说：修饰的蛋白，一定要做非修饰的蛋白，因为如果进行了处理，很有可能非修饰的蛋白量发生了变化，如果非修饰的蛋白都没有了，再做修饰的蛋白就没意义了，而且非磷酸化抗体的价格只有磷酸化抗体的价格的40%，强烈建议你买

我觉得磷酸化水平升高与否跟其蛋白总量水平改变之间是不矛盾的，这么说吧 磷酸化只是蛋白修饰的一种形式 如果一个蛋白是通过磷酸化形式发挥功能的 那么 不管总蛋白的形式的量是升高 还是降低 该蛋白的功能形式都是增加了 所以 我认为 讨论 两者之间的比值的意义不是很大

我觉得也可以做总的蛋白量，然后再做磷酸化蛋白的量。如总量不变，磷酸化的变了，也可以很说明问题吧

我觉得表达量和磷酸化水平的改变 应该分别讨论 分别具有不同的意义 应该分开来讨论 表达量升高了 磷酸化水平升高本身应该不矛盾吧