有候选靶点蛋白的话：不做实验，就先做分子对接的模拟，进行预测。做试验，itc，biacore机器是做小分子和蛋白结合各种参数测定的首选。再对关键氨基酸做突变，检测结合的改变。

生物信息学的模拟对接软件可以进行模拟。这是最简单的方法。不需要做实验，但要有专门做模拟的人。itc也是专门测相互作用的机器。当然这些技术的前提是你有个候选的靶点蛋白。这个可以通过小分子及其类似物有已知文献给你们提供候选结合蛋白。

质谱的方法是：实验组和对照组 被酶打断成肽段，然后看峰，找出结合的峰，再在结合的峰上做点突变。直接看哪个肽段有两个峰，之间差距正好是结合小分子的倍数。

结合位点、构象变化，最直接是共结晶，再做X-ray啊。如果是看ka,kd,反应平衡常数K，用要可以用激光拉曼散射和表面等离子共振仪来检测。其它的方法，比如说质谱，你把你用的小分子及另外其它的非特异性的分子与蛋白结合一段时间，再在质谱是看看有没有结合形式的峰存在，这是一种间接的方法 。其它的类似。