1、免疫组化染色是用一抗与被检测组织中目的蛋白抗原结合，然后HRP等标记的二抗与一抗进行结合，最后通过DAB显色反应，进而确认所要检测蛋白抗原的定位、半定量等目的。

2、HE染色是用苏木素和伊红分别染上胞核和胞浆，可以区分出一般细胞的形态，在实际应用中可以鉴定组织细胞坏死、水肿、变性和炎性细胞浸润等异常病理学改变，在临床上是诊断恶性肿瘤和肿瘤的很好的方法。

3、免疫组化染色和HE染色的不同之处可能是HE染色比较粗略地辨认不同细胞形态学改变；而后者能够针对特异性细胞标志物来检测特异性细胞的改变（数量）、也可检测细胞内细胞因子的转位（如active-caspase3和cleaved-caspase3的胞核和胞浆分布状态）、组织中一些特异性蛋白的表达的量改变（通过图像分析系统分析颜色深浅、分布的面积等综合分析）。以上是个人观点，还需要大家来评价。

HE染色应用染料把碱性和酸性物质直接染成红色或蓝色，显微镜下可直接观察组织或细胞的形态。免疫组织化学技术是应用免疫学基本原理——抗原抗体反应，对组织或细胞内抗原或抗体物质定性和定位的组织化学技术。

组化用HRP的话，信号不够强。通常用生物素标记（avidin-biotin ）来增强信号。免疫组化比起定量。更多的意义在于查看目的蛋白的定位。也就是localization。定量一般用western来实现。

通俗的讲，HE仅仅是看大体病理改变。比如组织坏死，比如炎性渗出，免疫组化，看你的目的蛋白的表达情况。比如，某某蛋白的表达如何如何

HE染色显示的是细胞结构形态。免疫组化显示的是细胞中特定的细胞成分。