2024-04-16 17:42:05

打算扩水母线粒体中D-loop区,在引物设计上可以怎么做?

最近打算扩水母线粒体中D-loop区,目前在引物设计上没有进展啊。有设计过D-loop区引物的高手指导下啊
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以下两个引物是鱼类上常用的D-loop序列引物,不知道是否对你有帮助? DLF (5’-ACCCCTAACTCCCAAAGCT-3’) and DHR (5’-CATCTTAACATCTTCAGT GT-3’)

2024-04-17 21:16:13

先找找水母的近亲,腔肠动物水螅海葵啥的。NCBI上海葵的线粒体基因组应该有吧,对照它的线粒体序列,找下D-LOOP两端的序列,建议多找几个水母的亲戚,比对下他们D-LOOP两端的序列,找个保守的序列。鱼类的跟水母亲缘关系太远了,估计不好使。 查了下下面这个物种 Haemonchus contortus 那个AT-Rich应该就是D-LOOP了吧,前端是="tRNA-Ala",后面是="tRNA-Pro" 建议多找几个水母的亲戚,比对下他们D-LOOP两端的序列,找个保守的序列。 不过要说明AT-Rich,测序的时候困难很大啊。(NCBI里搜索Metazoa mitochondrion genome.) LOCUS EU346694 14055 bp DNA circular INV 27-FEB-2008 DEFINITION Haemonchus contortus mitochondrion, complete genome. tRNA 5500..5556 /product="tRNA-Ala" misc_feature 5557..6133 /note="AT-rich region" tRNA 6134..6189 /product="tRNA-Pro"

2024-04-17 21:18:12

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