up vote 311 down vote

2024-05-03 21:47:10

建发育树时，序列比队后手工校正有什么原则？

我用的是MEGA4.0构建发育树，看文献说比对过后要进行人工校正，不知有什么原则。还有“空位按缺失处理”是什么意思，空位指什么？缺失指什么？怎么处理呢？我的序列相似性不高，加入外类群后比对后长短不一，中间有很多空隙。我比对过后没有校正处理，不知怎么处理，用MP和NJ画树，结果很不一样，选择的外类群在NJ图上能分出来，但在MP树上却跑到中间去了，按资料说外类群选得不可靠？不知什么原因，望高手解答！谢谢

生物信息学

回答 0 评论

更多

4个回答

up vote 6 down vote

序列相似性不高时NJ较可靠。

0 评论收藏举报

2024-05-03 22:52:36

up vote 6 down vote

人工校正不是必需的，除非你的alignment真的是很差，也可以试用其它工具，比如phyml或mrbayes

0 评论收藏举报

2024-05-04 04:49:11

up vote 2 down vote

可能有偏颇的地方，但是LZ用的是MEGA，相比ME，MP的话，NJ对于相似度小的序列还是有优势的。

0 评论收藏举报

2024-05-04 05:56:25

up vote 3 down vote

序列比对后，可以把序列两端的空白序列删掉

0 评论收藏举报

2024-05-06 20:25:19

你的回答

提问时间：	2024-05-03
浏览量：	2749
最近回答：	2024-05-06

相关问题

原料药强制破坏试验中，已知杂质与破坏产生的杂质分离... 回答 3

岩石的倾向与走向怎么区分？回答 6

抗体电荷异构体之间是否存在相互转化问题？回答 4

HPLC检测样品出锋太快怎么办？回答 5

不确定细胞有没有污染，还能做western吗？回答 5

直接连在苯环上的硝基还原的方法回答 6

点晶体时蛋白质沉淀的原因？回答 4

关于肿瘤转移机制研究，一定要做到MMP这个程度么？回答 2

最近用到LDA,wt%30%的包装,试着用石油醚... 回答 4

实验室小试时都是如何计算片重？回答 4