楼主有没有尝试一下利用gsk-3 beta 的特异性抑制剂，如CHIR-99021 (CT99021) ，TWS119 来作为阳性对照实验呢~
如果阳性对照没有出现这种情况，可能是因为你的药物可能同时作用了其他的通路或因子~ 

Wnt蛋白与相应受体结合后将其激活，并抑制下游蛋白质复合物，包括axin、GSK-3、与APC蛋白。axin/GSK-3/APC 复合体可促进细胞内信号分子β-catenin的降解。当“β-catenin 降解复合物”被抑制后，胞浆内的β-catenin得以稳定存在，部分 β-catenin进入细胞核与TCF/LEF转录因子家族作用并促进特定基因的表达。
因此，用wnt信号通路的特异性抑制剂处理后，gsk-3 beta增加，β-catenin减少，说明Wnt/beta-catenin信号通路起作用；并且利用gsk-3beta的特异性抑制剂可以缓解这一现象。如果gsk-3 beta表达不变，只能说明并不影响这条通路~ 

楼主可以参看一下信号通路图：http://www.selleckbio.com/pharmacological-pi3k-akt-mtor.html
AKT对GSK-3β的磷酸化结果是抑制其活性的~因此这条通路作用的结果是抑制，不同于Wnt信号途径的作用结果~