我的理解是：一、首先前五组做WB很好说明问题，abeta+药物+JNK抑制剂 以及 abeta+药物+p38抑制剂这个是个间接证据,如果JNK和p38抑制+药物组的效果大过药物组和JNK,p38 inhibition组,说明药物不是通过抑制这两个激酶起效的。进一步地可以这样想，假设药物只通过JNK,p38发挥作用，那么当两者受到抑制后，有无药物效果都一样；但如果JNK和p38抑制+藥物組作用比只抑制JNK,p38的作用大则说明药物可能还通过其它途径发挥作用。

二、这里加抑制剂的两组Group 6：abeta+JNK抑制剂 Group 7：abeta+p38抑制剂 可用于说明
（1）abeta通过p38/JNK发挥细胞毒性作用
（2）与abeta+药物+JNK抑制剂 以及 abeta+药物+p38抑制剂组作对比，看药物除了通过降低abeta诱导的JNK和p38 MAPK的磷酸化发挥作用外，是不是可能还有别的途径（写成Discussion就是：药物发挥作用的机制除通过降低abeta诱导的JNK和p38 MAPK的磷酸化以外，可能还有其它途径）
三、abeta+药物+抑制剂的处理
我认为：三者应该不是同时加。
正如你前面的分组
Group 3：abeta+药物 （低浓度）
Group 4：abeta+药物 （中浓度）
Group 5：abeta+药物 （高浓度）
Group 6：abeta+JNK抑制剂
Group 7：abeta+p38抑制剂
当中药物或抑制剂应该是加在abeta之前，用以完全阻断abeta诱导的p38MAPK和JNK的磷酸化及其导致的效应一样。在这里三个药物相加是有顺序，分开进行的。加入的量和时间应该参照3--7的设计（因为药物和抑制剂各有各的起效时间），再作比较。
四、这个实验设计方案比较复杂，要检测和对比的地方比较多。在陈述设计思路和发表论文的时候可能要注意discussion部分的逻辑性，如果能理清步骤，图文并茂地说明，将更好说明你的想法和结论。不知道这样的解释对不对，虚心听取其他同学的意见，相互学习！

上面的“细胞因子”分析的相当不错，不过我想说明的是，你的问题开始提到：“我的药物现在已经证明能够减轻abeta诱导的细胞毒性。并且能够降低abeta诱导的JNK和p38 MAPK的磷酸化”，既然已经证明了相关的作用与通路，现在设计这样的实验有意义吗？相信对于a-beta蛋白的毒性与JNK,p38磷酸化水平的关系早有定论，在这里完全不用设计这样的实验了；另外，你的药物如果是同时可以抑制JNK与p38的活性，它的作用应该比单用一种JNK或p38的作用要强，这也不用比较了。
总体感觉，这个实验设计的意义不大，你还不如观察药物是否可以引起促细胞存活的因素入手进行实验，不要再困于JNK和p38了，它们仅是两个激酶而已，细胞的存活有两种力量的平衡来决定的，即促死活因素的降低与促存活因素的加强。