感觉功能性的验证没有数据的话，很难再做下去了。

1. 研究的是蛋白A在关节炎中的“作用”，而不是“保护作用”，没有确定功能之前，可以假设，但不能用肯定性的语气。2. 尽管前期蛋白芯片结果炎症状态下蛋白A的表达发生变化（下降），但这对蛋白A在关节炎中的作用几乎没有什么参考意义，仅仅是个现象罢了。A可能是起始因素（其作用），但也可能是后续引起的下游反应环节之一。3. function rules all！功能决定一切。不论验证状态下蛋白A的发生如何变化（如细胞内位置变化、蛋白芯片表达量变化），这些在未得到功能实验的证实前，都仅仅是现象。既然功能实验发现蛋白A的过表达和低表达对炎症细胞均没有影响。。。确实提示接下来需要好好思考。A可能是个环节之一，或许起到中间作用等等，需要认真思考设计了。

别人的实验肯定不如自己的靠谱，再说楼上说得很对，也许这种变化是secondary的，并不是原因。至于你发现的蛋白在胞质和核中穿梭，也许有意义也不一定。不知道有没有分离细胞质或细胞核然后跑的western blot的结果？如果可以推荐一篇综述文章：CREB and the CRTC co-activators: sensors for hormonal and metabolic signals。 但是你敲降和过表达该蛋白对炎症都没有改变的确让人怀疑。祝好运！