一点浅浅的见解，不一定对：

1、从试验技术角度看：mRNA丰度很高，应当翻译出相应丰度的蛋白，若蛋白水平低，可能跟WESTERN选用的抗体有关。具体说，该蛋白有没有经过修饰、折叠、磷酸化、脱磷酸化等等都影响其抗原性，针对同一个蛋白的不同抗原形式，就可能做出不同的抗体，而在使用其中某一种抗体检出蛋白时，很可能不具有代表性，例如：CREB的抗体就可能检不出CREB-P，导致检出结果偏低。特别是某些具有活性的酶蛋白。

2、从理论上看：如果是mRNA丰度低于相应蛋白，那么赞成楼上说法，蛋白的降解减少了，储存增加了。

turn over level应该是翻译后水平。其实这些问题看你怎么解释，只要结果重复性好，结果可信就行。最简单的一种解释，是PCR是2的n次方变化，而wetern不是，再者两种方法的敏感性不一样，一个是拷贝数的差异，一个是微克数的变化。但如果一种增加，另外一种则降低。这往往与RNA或蛋白在细胞内的稳定性相关。如果某种RNA稳性性差，易降解，则易出现RNA降低，而蛋白表达增加；如果某种蛋白质稳定性也差，则易出现蛋白表达降低，而RNA增加。对付专家的解释尽可能地提供几种可能性。当然，RNA和蛋白的修饰更易解释了，他们对这方面的了解通常并不多。

mRNA的稳定性是需要考虑的因素，不同刺激虽可引起同样mRNA的表达，但表达出的mRNA的稳定性却不尽相同。即是说，某些情况下，虽然表达mRNA，但很快降解，从而会影响蛋白表达。

有可能是蛋白翻译延迟？

这个我个人认为可能有两个原因:如果ＲＮＡ高而protein低　可能是翻译阶段出问题了，也就是说，虽然有相当数量的RNA但是由于翻译效率低，所以蛋白水平低
如果是RNA低protein高,则可能是蛋白降解有问题了

如果 miRNA水平高而protein不表达,可能与microRNA的伏调控有关。另外，RNA水平高，蛋白水平低，撇开试验操作因素，理论上说也是有可能的，可能是蛋白表达正常但降解比如泛素化增强了