2019-03-14 20:11:29

现在做肿瘤的外显子测序好,还是RNA-seq好?

随着癌症基因组计划的实施,很多常见肿瘤的外显子测序乃至RNA-seq已经完成,且很多数据已经公布。但是,老板还是想在做一下外显子测序。我个人认为再单纯的去做外显子测序已经没有太大意义。虽然,你可以讲国外公布的数据时用的外国人的标本做的,我们是用中国人的标本做的。遗传背景不同,结果可能不一样。但是这种不同,并没有太大意义。我们做外显子测序的一个很重要的目的是寻找肿瘤的driver mutation,而你做的结果和外国人的结果不一样很可能是由于你选择的肿瘤中的亚型不同,或者可能是passage mutation不同。再重复一遍别人已经做过的实验,很难有什么新的发现,而且也不可能做那么大的样本量。如果将外显子测序和RNA-seq一起做,会不会更好一些。RNA-seq可以发现一些新的转录本或融合基因,同时对基因差异表达的分析可以发现一些新的线索,另外还可以做miRNA或LncRNA,研究RNA调控网络。想请教一下RNA-seq除了这些,还能得出什么结果。另外,我做的肿瘤临床标本不好获得,可不可以做细胞株的RNA-seq,选择几种驱动基因不同的细胞株,或者选择来源于原发灶和转移灶的细胞株,来看一些基因的差异表达。希望各位多提宝贵意见,谢谢了!


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5个回答

个人理解外显子测序还是看基因组的变异,但不同环境下细胞表达的基因是不同的,因此RNA-seq提供实时的表达基因,而不是固定在基因组中的信息。因此RNA-seq可以比较肿瘤在不同药品,治疗方法处理后,表达谱的变化,提供比基因组外显子组变化更丰富的信息。


2019-03-14 20:38:40

挺好的问题。如果不差钱,外显子测序及RNA-seq一起上,而且不会说因为国外测了我们测意义不大。其实我们对肿瘤的认识还差的很远,测序能给来很多的信息。

2019-03-14 21:17:51

细胞株的测序好像真的没有什么意思


2019-03-14 21:22:21

外显子测序是基于基因组,就是 固定不变的信息,而RNA-seq是 基于动态的信息,是变化的信息


2019-03-14 21:24:08

1、外显子测序(以及全基因组)测序,测的是基因组固定不变的信息,就如同电脑的固件一样,即使关机、死机、把电脑扔到水里报废,这个固件里面的信息还是不受影响的。外显子测序(以及全基因组)测序,强调测序深度,就是多少多少X,(这不是英文X,而是乘数的意思),简言之,就是基因组测了多少次,当然,测得越多,精确度越高;(有同学问,那我就让公司测1千次,1万次)理论上和实践上是可以的,只要你不差钱,测上亿次都没关系。。但是但是,测序只是第一步,测序之后的数据分析那才是重点,一般测30X差不多了,数据可有2~4TB那么大。2、而RNA-seq是 基于动态的信息,是变化的信息。 就像电脑内存里面的信息一样,不断地在更新、或刷新,而且很容易丢失,就如电脑一旦死机、关机,内存里面的信息就都没了。 RNA同样也是这样,与体内外环境、转录调控、基因剂量等息息相关(有时间和空间的限制),一旦时空变化了,如基因组、或蛋白质组、或调控哪里变化了,不同的时间点,RNA-seq后的结果也会变化,当然正常人体/细胞的转录组是在一定的范围内波动的,不会超过阈值,不会出现奇怪的数值。 如果我们做基因的KO(knock out),要去测试转录组,必须得重复,什么叫重复,就是在研究的时间窗内、在相同的背景下,同时做3次RNA-seq,这也是尽量减少噪音的干扰(噪音就是环境或其他因素的干扰)。当然,RNA-seq同样也要强调测序深度,也是测得越多,精确度越高。所以,目前来说,从技术层面二代测序和RNA-seq技术本身都是很完善(技术上挑不出问题来,因为每个测序公司都有完善的QC pipline),目前对于我们搞研究的来说,标本的取材、标本的制备才是关键的,从源头上要制备好!


2019-03-14 21:25:57

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