这是二级结构标注的问题，不同的标注方法有不同的标注结果，

1.H,G to H; B,E to E; 其它转换为C

2.H to H; E to E; 其它转换为C

3.H,G,I to H; E to E;其它转换为C

4.H,G to H; E to E;其它转换为C，但是最常用的是第一种方法。

可以从PDB数据库中的蛋白质数据，间接得到二级结构的数据。

首先，下载根绝PDB ID 下载蛋白质晶体坐标PDB数据：

如103L，从PDB数据库中搜索ID 103L，http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=103L，103L是一个167残基的小蛋白，下载这个蛋白质的pdb文件；第二步就是secondary structure assignment,如果手头的蛋白质很少且不用处理，那么直接通过dssp或者stride在线assignment， 很快就会出来结果，给出两个DSSP在线结果生成的webserver：

http://www.cmbi.ru.nl/xssp/

http://www.biogem.org/cgi-bin/edssp.pl

对于你提供dssp结果的解释：DSSP提供了八种二级结构类型：

H = α-helix。阿尔法螺旋

B = residue in isolated β-bridge 孤立的beta片层

E = extended strand, participates in β ladder beta片层

G = 3-helix (310 helix) 310 螺旋

I = 5 helix (π-helix) π-螺旋

T = hydrogen bonded turn 转角

S = bend 弯曲

以及没有标记的二级结构，这类二级结构用“空格”或者“-”来表示。

另外一种方法就是下载dssp的可执行文件，该可执行文件可以在linux或者win下运行，只要给出pdb文件就产生出assignment文件，该可执行文件可以从 http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ 下载。