应该是已经发表了的：Xia K., Dong D. & Han J.-D. J* . IntNetDB v1.0: An integrated protein-protein interaction network database generated by a probabilistic model. BMC Bioinformatics, 2006, 7:508.

http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1661597

我仔细读了一下，他们预测的原理主要是基于这篇 Nature Biotechnolology：

Rhodes DR, Tomlins SA, Varambally S, Mahavisno V, Barrette T, Kalyana-Sundaram S, Ghosh D, Pandey A, Chinnaiyan AM. Probabilistic model of the human protein-protein interaction network. Nat Biotechnol. 2005;23:951–959. doi: 10.1038/nbt1103.

据说最初用这个方法预测ppi的是一篇science，可惜我没有找到。

估计韩老师使用的都是public data or data from literature，所以不存在授权问题

可靠性不好讲，因为没有看到他们是如何处理的，也没有发表文章，看不到任何引文

但是从韩老师的水平上讲，应该可以作为科研实用的。

 我看过也做过，基本过程告诉你：HPRD分三份，1，2，3；interpro数据库要下载下来，里面有protein——domain的数据。首先：取HPRD的一份1，按照1中的互作蛋白，p1——p2，找到p1——p2分别对应的domain，将domain进行连接：p1d——p2d。就得到了domain互作集合1将domain集合1到HPRD2，3中进行验证，看哪个domain互作能有效地在2，3中出现。 这样就选出了高可信的domain互作。之后雷同：把2，3 也做了。 Ok

我曾参加了他们的一个关于这个课题的报告。据韩老师说，他们用已证明了的蛋白相互作用数据作为验证标准，结果的可靠性在50％以上。他们还有个参数，好像叫LLR，用以衡量数据的相关性。这个参数越高，可靠性就越高。至于授权问题，我不太清楚。

有一个数据库，叫string，有类似的功能

免疫沉淀试试