2024-04-24 22:02:24

有什么方法可以验证gene symbol到底是mrna还是lncrna

各位好,最近通过lncRNA的GB-ACC在david中转换得到gene symbol,但是把这些gene symbol放在UCSC中却被告知是mRNA,请问是哪里出错了呢?有什么方法可以验证这些gene symbol到底是mrna还是lncrna,再次先谢谢各位老师指点。

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生物信息学×

3个回答

找到这个lncRNA的ID号,输入到noncode网站或者ENSEMBL看看有没有记录这个lncRNA,有得就是,没有的可能就不是lncRNA。



2024-04-25 00:58:27

可能没毛病,不要看gene symbol。林子大了什么鸟都有,一个表达基因的名下不一定是每一个转录本都是表达,就是有一部分lnc混迹在mRNA的gene locus里,你要看lnc的转录本名称再去数据库中查询。


2024-04-25 03:00:57

××基因通过第二代高通量测序技术,可获得样本中几乎全部的LncRNA序列信息,不局限于对已知LncRNA的研究,还可对未知的LncRNA进行预测;
通过优化文库构建流程,使插入片段更长,更利于LncRNA的分析;同时减低了对RNA起始量 与质量要求;数据分析不限于LncRNA,也可对环形RNA等非编码RNA进行分析;个性化跟踪分析,让数据分析更有针对性,更加顺畅。

2024-04-25 03:02:11

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