这没有绝对的标准，主要还是要看具体的情况而定的。score是越高说明相似性越高，而ev则是越小越好（最小是0）。但是到底多高的相似性就一定能说明是具有同源性实在很难说的

我觉得对于blast结果我主要看两个，一个是identity,一个是e-value，Jester 说的是对的，score值越高说明相似性越高，但score的值受序列长度影响，如果一个序列很长很长而相似性很低，也会产生高的score.所以我个人觉得它的意义不大。一般来说，蛋白质序列 75aa长度中25%的相似性 是一个域值，低于这个域值可以认为是随机匹配了(罗静初 生物信息学导论).所以我觉得你用blastp来比对的蛋白序列是短了一些。e-value的域值划定的确没有一个标准，但根据一般经验，e-10以下是见得比较多的一个划定，而e-7以下可以认为是比较精确的结果。当然根据个人实验的具体要求，有取-5的，我见过最高的取到-3.所以，blast结果的identity给出了相似程度，而e-value给出了可靠程度。从我的经验来看蛋白质序列30%--40%以上的相似性就可以认为有一定关联，而对于核酸这个值要更高才行。