小分子肽和蛋白质(已有三维结构）相互作用用什么软件可以预测？

我想通过软件来预测一下一个5个氨基酸的peptide与一个蛋白质是如何相互作用的。我看到用ftdock之类的只能做两个蛋白（都有三维结构）的相互作用，如何与小肽段进行分析不知道怎么做？希望知道的大侠指点一下。谢谢

蛋白质技术

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不知道你那个作为受体已经知道3D结构的蛋白有没有复合物结构?如果有或许可能,没有的话,因为不知道与配体结合后受体采取什么构象,所以很难,假使有同源的已知复合物结构的蛋白通过同源模建等其他手段或许也行.单纯没有实验依据的预测肯定不行

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2024-03-28 02:10:58

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Autodock

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2024-03-28 18:18:03

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在不知道与配体结合后受体蛋白的复合物结构的情况下,如果你想看一下peptide与一个蛋白质是如何相互作用的,可以用分子动力学的方法,而不应该用对接之类的软件,推荐的分子动力学软件有:免费的gromacs、NAMD收费的Amber等都可以胜任

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2024-03-28 23:25:55

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