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2024-03-24 09:36:49
为什么密码子优化同组织中表达量高的蛋白Nc值高于表达量低的蛋白？为什么密码子优化同组织中表达量高的蛋白Nc值高于表达量低的蛋白？使用codonW进行密码子分析，理论上表达量高的蛋白Nc值比较低。但是实验中分析的结果与之相反，codonW计算中参数都是默认的，不知有没有影响？谢谢！在乳腺表达外源蛋白，实验室以前表达量不高（人源，牛源），担心可能部分原因是由于物种间差异造成的。因为目前文章报道密码子偏好也有一定的组织特异性。于是只想比较一下乳腺组织的偏好性，但是发现在乳腺组织中表达量高的蛋白Nc值计算高，与理论上不相符。codonW计算中采用的默认参数，不知道有没有影响？ |
3个回答
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用codonW计算NC值是没有影响的，在一般的物种是表达了高NC值就会偏低，但是也可能会有相反情况。要想获得表达量高的蛋白，可以用密码子改造的方法，我也不是很懂，还在学习中 |
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Nc貌似是无参数模型吧。本来密码子偏好和表达量的关系就是统计上的结果，个别基因不一致没有什么奇怪的。可能是重新设计过的核算序列破坏了一些CDS中的功能motif吧，比如说有报道表明内含子附近的序列有功能motif。另外高等真核生物中的密码子偏好本来就很弱（以前一直认为简并位点是中性进化的），可能是由于有效种群小的缘故，也有可能本身密码子偏好对表达量的贡献就不大。 |
